学校标志由基本造型、中文标准字体、英文标准字体三部分组合而成。标志由江西开头字母“J”的趋势线进行变化组合、艺术化处理中医的头字母“Z”，指明江西中医药大学特定的地理位置和专业的特征；“J”字逐渐衍变成展翅飞翔的大雁。
翻卷的书构成大雁的翅膀，指明中医药大学的教育行业特征；飞翔的大雁体现中医药大学志向高远、开拓进取、求强求精、追求卓越的精神。“江中行舟，乘风破浪”，标志似扬帆远航的帆船，书海泛舟，索源蓄力，象征江中人一定能乘劲风、高扬帆，达到理想的彼岸。
标志上下部分阴阳交互，阴阳太极、生生不息，象征我国源远流长的中医药文化，寓意知识的无穷无尽和学校的美好前景。
标志色彩采用绿黑两色，绿展示了成熟与活力，代表自然和希望；黑色有着磐石般的稳重，两种颜色相互衬托，相映成辉，体现出团结拼搏、奋发向上的精神风貌。
学校中文校名标准字体为中国元代著名书画大家赵孟頫书法“江西中医药大学”，英文校名标准字体为BaskervilleOldFace字体的“JiangxiUniversity of Traditional ChineseMedicine”。英文校名的规范简写为“JXUTCM”。